sugas, kurām draud izmiršana un kuras tieši vai netieši apdraud tirdzniecība. Šo sugu imports un eksports tiek stingri kontrolēts, nepieciešamas abas atļaujas gan no eksportētājvalsts, gan importētājvalsts. Atļaujas izsniedz katras valsts uzraudzības institūcija, balstoties uz zinātniskās institūcijas ieteikumiem par populācijas stāvokli un apdraudētību. Šajā pielikumā iekļauti:

Lielie papagaiļi (piemēram, kakadū, Amazones papagaiļi), plēsīgie putni (piemēram, jūras ērglis, piekūni), pērtiķi, ziloņi, ziloņkaula produkti, tīģeri, sniega leopardi, degunradži, orhidejas, kaktusi, visi jūras bruņurupuči, austrumu medicīnas preparāti, kas izgatavoti no šajā pielikumā iekļauto sugu īpatņiem u.c.

sugas, kuras vēl nav izzūdošas, bet var tādas kļūt, ja tirdzniecība ar tām netiks kontrolēta. Šo sugu eksportam vai importam nepieciešama tikai eksporta atļauja. Iespējams nākotnē būs nepieciešama arī importa atļauja, kā tas jau ir Eiropas Savienības valstīs, jo ir noteikti papildus ierobežojumi sugām, kas minētas CITES konvencijā. Šajā pielikumā iekļauti: 

Koraļļi, kā arī visi primāti, plēsīgie putni, pūces, papagaiļi, bruņurupuči, vaļi, krokodili, orhidejas, kaktusi, ķirzakas, čūskas, kas nav 1. pielikumā.

sugas, kurām tirdzniecības noteikumus pieprasa konkrētā izcelsmes valsts. Valstīm, kuras ir pievienojušās konvencijai, ir tiesības pievienot sugas šim pielikumam. Eksports no šīm valstīm ir aizliegts un tirdzniecībai jābūt kontrolētai. Dažādas valstis ir ierakstījušas aptuveni 300 sugas šajā pielikumā. Piemēram, kopš 1975 gada Nepālā CITES konvencijas 3. pielikumā ir iekļauts Āzijas bifelis Bubalus arnee.